Tenjou Utena, ein Mädchen voller Ideale und mit hohen Zielen, kommt neu an die Ohtori Akademie, wo sie dank ihrer Kleidung zuerst für einen Jungen gehalten wird. Unverhofft trifft sie dort ihre alte Liebe Kiryuu Toga, der sagt, durch ein Rosensiegel ebenfalls dorthin geführt worden zu sein....
Der junge Medizinstudent Frank Braun verliebt sich in Alraune, die angebliche Tochter seines Onkels Professor Jakob ten Brinken. Als sein Onkel von der Beziehung erfährt, offenbart er seinem Neffen, dass Alraune kein natürlicher Mensch, sondern das Produkt eines wissenschaftlichen Experiments...