Der junge Jim Hawkins, eine Piratenmaus namens Hiccup, Dr. Livesey und Squire Trelawney mieten ein Schiff, um den legendären Schatz des berüchtigten verstorbenen Piraten Captain Flint zu finden. Flints ehemalige Besatzungsmitglieder planen jedoch, das Schiff zu übernehmen.
Bei einer Überfahrt nach San Francisco hat ein neuer Koch namens Negoro angeheuert, der ein dunkles Geheimnis hat. Als die Mannschaft bei einer Waljagd nicht an Bord zurückkehren kann, will Negoro das Kommando ergreifen, scheitert aber am Einspruch der noch anwesenden Passagiere. Der Schiffsjunge...
