Nach der ersten Begegnung Ripleys mit dem Alien sind 57 Jahre vergangen. Ziellos treibt sie sich immer noch im Kälteschlaf befindlich durchs All. Zufällig wird sie entdeckt und wieder zurück zur Erde gebracht. Ihren Berichten über die Ereignisse mit dem Alien wird zunächst wenig Glauben...
Im Jahr 2414 wird bei einer Bohrung nach Ressourcen auf dem Planeten Aegis VII ein "Marker" gefunden. Dieser wird von der Sekte der Unitologen, die sich nach dem Fund des ersten Markers vor 200 Jahren gründeten, als heilig angesehen. Das Bergbauschiff Ishimura nimmt den Marker an Bord. Daraufhin...
