Der Film spielt zwei Jahre nach den Ereignissen des Vorgängers »Galaxy Express 999«. Die Erde ist mittlerweile nichts weiter als ein riesiges Schlachtfeld. Tetsuro ist älter geworden und bekämpft immer noch die Maschinenmenschen. An Bord des Galaxy Express wird er wieder mit Maetel vereint.
Auf der Erde leben, unerkannt unter den Menschen, 9 Cyborgs mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Einst haben sie gekämpft, doch nun sind sie frei und führen ein ungezwungenes Leben. Dies ändert sich allerdings als eines Tages ein fremdes Raumschiff auf der Erde notlandet. An Board ist nur noch...
Die Tomobiki-Oberschule veranstaltet ein Schwimmwettbewerb. Wer den Wettbewerb gewinnt, bekommt ein Kuss des Segens vom Schuldirektor. Lum, Ataru und ihre Schulkameraden sind natürlich davon gar nicht begeistert und so versuchen alle, absichtlich zu verlieren, damit sie dem drohenden...
