Der kleine Junge Ichiro hat ein schweres Leben: Seine Eltern haben so gut wie nie Zeit für ihn und er wird ständig von anderen Jungs gehänselt und geärgert. Wenn er alleine ist, fliegt er in Gedanken mit einem Flugzeug auf die Monsterinsel. Dort trifft er sich mit Minya, dem Sohn von Godzilla....
Auf einer Insel führt ein Team von Wissenschaftlern ein streng geheimes Klimaexperiment durch. Ein erster Versuch hat dazu geführt, dass die Temperaturen enorm angestiegen sind. Ein unangenehmer Nebeneffekt ist das Riesenwachstum einiger Tiere. So wimmelt die Insel von haushohen Raubinsekten....
Im Jahr 1999 hat die menschliche Gesellschaft Kriege und Krankheiten hinter sich gelassen. Auch die Bedrohung durch urweltliche Monster wie Godzilla und Rodan besteht nicht mehr. Die Ungeheuer wurden auf der Insel Ogasawara in einer Art Reservat untergebracht und stehen unter ständiger Beobachtung...
