Nachdem er den Mars verlassen hat, macht sich der Galaxy Express 999 auf den Weg zu seinem nächsten Ziel! Während der Fahrt begeben sich Maetel und Tetsurou in den Speisewagen, wo sie auf Claire treffen – eine Frau aus Kristallglas. Ihre Mutter hat den Körper für Claire ausgesucht und sie...
Der Film knüpft ein Jahr nach den Ereignissen von Galaxy Express 999 an. Der junge Tetsuro und seine fürsorgliche Begleiterin Matel versuchen das Universum von dem Mechanized Empire, welches die Erde besetzt, zu befreien.
Goshu ist Cellist im örtlichen Orchester und lebt in einem kleinen Haus außerhalb der Stadt. Sein Spiel ist jedoch unvollkommen und so beginnt der Dirigent langsam seine Geduld mit ihm zu verlieren, da er das ganze Orchester mit seiner Unzulänglichkeit irritiert. In den nächsten Nächten...
