Makoto und seine Freunde haben viel durchgemacht auf ihrem Weg, die Schattenstunde zu besiegen. Sie haben sich immer wieder aufgerafft, im Glauben, dass am Ende ihres Kampfes friedliche Tage auf sie und die ganze Welt warten. Doch nun kommt die Wahrheit über Makotos Vergangenheit und ihren neuen...
Nach dem Heath-Oslo-Vorfall ist die Existenz der US-japanischen Anti-Terror-Organisation CIRS der Öffentlichkeit bekannt geworden. Daraufhin wurde CIRS von Grund auf neu aufgebaut und die verschiedenen Funktionen wurden der neuen Organisation SORD („Social Ops, Research & Development“)...
