Der Jagdflieger Oberst Tateo Kato von den kaiserlich-japanischen Heeresluftstreitkräften führt die 64. Sentai während der ersten Monate des Pazifikkrieges.
Eine Gruppe verzweifelter Flüchtlinge will die Erde 20.000 Jahre nach Godzillas Machtübernahme zurückerobern. Doch ein junger Mann möchte vor allem eines: Rache.
Durch einen Meteoriteneinschlag erwacht Godzilla aus seinem Schlaf. Gleichzeitig wird auf einer Insel ein riesiges Ei gefunden, aus dem Mothra schlüpft. Aber auch Mothras böser Zwilling Battra erwacht aus dem ewigen Eis und so liefern sich die drei Monster einen Kampf, der ganze Städte in...