Zehn Jahre, nachdem Skipper, Kowalski, Rico und Private Spaß und abenteuerliche Spezialeinsätze als Lebensziel ausgerufen haben, stehen die vier Pinguine aus dem New Yorker Zoo vor ihrer größten Herausforderung. Oktopus Dave will sich an allen Pinguinen rächen, sie in monströse Kreaturen...
Um sich vor ihren Feinden zu verstecken, schleppt Captain Smek sein außerirdisches Volk, die Boov, von Planet zu Planet. Nur um immer wieder festzustellen, dass nicht jeder Planet als Zufluchtsort geeignet ist: Fleischfressende Würmer, Laser-Tintenfische und Lava-Einöden sind schließlich nicht...