In einem von Kaijū heimgesuchten Japan arbeitet Hibino Kafka in der Monsterbeseitigung. Als er seine Kindheitsfreundin Ashiro Mina wiedertrifft, einen aufstrebenden Star des Japanischen Verteidigungskorps, beschließt er, seinen einst aufgegebenen Traum, dem Korps beizutreten, erneut zu verfolgen...
In diesem Kompilationsfilm wird, neben bekannten Szenen, vor allem die Geschichte von Kyouko und Katsuya, Toorus Eltern, erzählt. Zusätzlich werden einige komplett neue Szenen gezeigt, die nach dem Ende der dritten Staffel spielen.