Nachdem der Bösewicht und Ex-CIA-Ausbilder Diaz die Seiten gewechselt hat und sich eine Maschine zur Gedankenkontrolle unter den Nagel gerissen hat, will er nun die Weltherrschaft an sich reißen. Und wer wäre besser für diesen Auftrag geeignet als der junge Spitzenagent Cody Banks. In London...
Im Jahr 1886 führt Meeresforscher Pierre Arronax eine Expedition vor der Küste Neuenglands durch, um ein geheimnisvolles Seeungeheuer aufzuspüren. Bei seiner Suche stößt er auf das hochentwickelte U-Boot Nautiulus, das heimlich unter dem Ozean kreuzt, und dessen charismatischen Kapitän Nemo....