Der Film spielt vier Jahre nach dem Ende von The Nun und folgt Schwester Irene bei ihren Ermittlungen in einem Mordfall in einem Internat in Frankreich. Während ihrer Ermittlungen ist sie erneut gezwungen, sich der dämonischen Kraft Valak, der Nonne, zu stellen.
Lu und Fati sind jugendliche Mütter, die in einem religiösen Zentrum in Buenos Aires leben. Schwester Paola kommt dorthin, um ihre letzten Gelübde abzulegen. Doch die bevorstehende Mutterschaft der Mädchen stellt sie vor eine herausfordernde Situation.
