Der Film spielt vier Jahre nach dem Ende von The Nun und folgt Schwester Irene bei ihren Ermittlungen in einem Mordfall in einem Internat in Frankreich. Während ihrer Ermittlungen ist sie erneut gezwungen, sich der dämonischen Kraft Valak, der Nonne, zu stellen.
Familie Roussier lebt in einem fragilen Gleichgewicht, geprägt von der ungewissen Diagnose ihrer 13-jährigen schwerbehinderten Tochter Bertille. Ihre Eltern und die ältere Schwester Marion leben in der ständigen Angst, sie zu verlieren, und sind bemüht, Bertilles Bedürfnissen gerecht zu...