Der Film knüpft ein Jahr nach den Ereignissen von Galaxy Express 999 an. Der junge Tetsuro und seine fürsorgliche Begleiterin Matel versuchen das Universum von dem Mechanized Empire, welches die Erde besetzt, zu befreien.
Mit einer gestohlenen Zeitmaschine entflieht Agino Jiro dem despotischen 25. Jahrhundert und landet im 20. Jahrhundert. Weil er eine Energiequelle für den weiteren Betrieb der Zeitmaschine benötigt, bemächtigt er sich in unserer Zeit eines Autos, zieht aber dabei unbeabsichtigt einige...
