Makoto und seine Freunde haben viel durchgemacht auf ihrem Weg, die Schattenstunde zu besiegen. Sie haben sich immer wieder aufgerafft, im Glauben, dass am Ende ihres Kampfes friedliche Tage auf sie und die ganze Welt warten. Doch nun kommt die Wahrheit über Makotos Vergangenheit und ihren neuen...
Nachdem ein Meteor auf die Erde schlägt, übernimmt das 'Verräter-Regime' die Führung und die Menschheit leidet. In den Wirren erscheint Tetsuro Daiba, der seine Eltern beim Meteoreinschlag verloren hat, eine mysteriösen Frau mit dem Namen Mello. Als Daiba wieder zu sich kommt, befindet er sich...
Nachdem er die Bedeutung von Kameraden und den Wert seines eigenen Lebens erkannt hat, kann Makoto wieder mit seinen neuen Freunden lachen. Der Frühling geht in den Sommer über und das Team findet neue, ungewöhnliche Mitstreiter im Kampf gegen die Schattenstunde: Die Androidin Aigis, einen...