Der Film knüpft ein Jahr nach den Ereignissen von Galaxy Express 999 an. Der junge Tetsuro und seine fürsorgliche Begleiterin Matel versuchen das Universum von dem Mechanized Empire, welches die Erde besetzt, zu befreien.
Die Partner-Digimon der Digiritter aus der ersten und zweiten Staffel treten in einem Wettrennen gegeneinander an. Dabei kämpft PicoDevimon mit unfairen Mitteln und versucht alles, um das Rennen zu gewinnen...
Ein neues, ultraböses Digimon beginnt in rasender Geschwindigkeit Daten zu vernichten, denn es will als Daiboromon die Weltherrschaft erlangen. Doch das gewaltige Monster bekommt es mit einer großen Macht zu tun: Weltweit schließen sich Kinder zu einem digitalen Netzwerk zusammen. Unter ihnen...
