Nachdem Mechagodzilla in seinem letzten Kampf gegen Godzilla schwer beschädigt wurde, wird er nun in einem Untergrund-Dock aus Godzillaknochen wiederhergestellt. Yoshito Nakajo, Mitglied der Reparaturtruppe bekommt während seines Urlaubs unerwarteten Besuch von ein paar Feen der Infant Islands....
In einer Welt, in der die Häuser aufgrund des steigenden Wasserspiegels immer weiter in die Höhe wachsen, erinnert sich ein alter Mann an die Vergangenheit und die Zeit mit seiner Familie.
Zwei ranghohe Mitglieder des Akizuri-Clans fliehen nach dem Mord an der Königsfamilie mit ihren letzten Verbündeten, Prinzessin Yuri und General Makabe Rokurota, in die Berge. Die Prinzessin gibt sich als stummer Bruder des Generals aus. Eines Tages treffen der flüchtige Bergarbeiter Takezo und...
