Anhand des Schicksals eines Unschuldigen, der zwischen die Fronten gerät, wird die tragische Geschichte zweier untereinander verfeindeter Königreiche erzählt, deren Streitigkeiten um Süßwasser-Ressourcen schlussendlich zur Zerstörung ihrer Gesellschaft führen.
Jahre nach den Ereignissen von Megazone 23 Part II, existiert nur noch eine Stadt auf der Erde: Eden. Dort lebt Eiji Takanaka, ein B-Level Hacker welche gerade in EX, die Organisation die Eden kontrolliert, aufgenommen wurde. Noch vor seinem ersten Arbeitstag wird er in einen alten Krieg um die...
Ein jugendlicher Stadtbewohner kommt durch Zufall an ein spezielles Motorrad mit versteckten Funktionen, welche ihn allmählich die wahre Natur der Stadt, in der er wohnt, entdecken lassen.
Die Dezalg sind zurück mit einer neuen Waffe und drauf und dran diese an den Verteidigungsanlagen von Megazone 23 zu erproben. Daran glaubend dass die Lösung dafür ebenfalls neue Waffen wären, versucht sich B.D. erneut an EVEs letzter Verteidigungsstufe. Denn volle Kontrolle über Megazone 23...