Die Story beginnt, als Teufelsanwärter Arata die „Hermes-Apogryphen“, Liliths Grimoire, berührt und der Raum plötzlich in ein gleißendes Licht getaucht wird. Ein junges Mädchen erscheint vor ihnen, dass Lilim genannt wird und Arata und Lilith als ihre Eltern begreift. Doch gleichzeitig zu...
Während der Konflikt, der in Magical Girl Lyrical Nanoha: Reflection begann, weiter eskaliert, finden Nanoha und ihre Verbündeten bald die unruhige Geschichte zwischen Iris und Yuri heraus, die mit der Tragödie von Eltorias "Planet Reclamation Committee" zusammenhängt.
